История создания лаборатории связана с открытием высокотемпературной сверхпроводимости в 1986 году. Тогда была создана группа для выращивания сверхпроводников и исследования явления высокотемпературной сверхпроводимости. В 1993 году было основано отдельное научное подразделение — лаборатория физики низких температур и сверхпроводимости (ЛФНТиС). В 2009 году на базе лаборатории ФНТиС была создана лаборатория магнетизма и физики фазовых переходов (ЛМиФФП). Для концентрации усилий на наиболее перспективных фундаментальных и прикладных научных направлениях, в 2016 году лаборатории ФНТиС и МиФФП были объединены в лабораторию физики низких температур и магнетизма. В 2023 году на базе лаборатории ФНТиМ была сформирована новая исследовательская группа для изучения низкоразмерных функциональных материалов.
В настоящее время в лаборатории, в сотрудничестве с различными научными организациями в России и за рубежом, осуществляются передовые исследования в различных направлениях.
1986 г. — создание группы для исследования ВТСП
1993 г. — создание лаборатории ФНТиС
2009 г. — создание лаборатории МиФФП на базе лаборатории ФНТиС
2016 г. – объединение лабораторий ФНТиС и МиФФП в лабораторию ФНТиМ